江苏大学pbs简略使用手册

一、pbs作业管理很简单，三个操作：提交qsub、修改qalter、查看qstat。其中qstat命令是重点，使用频率最高。具体如下：

1、提交作业 qsub [example.pbs]

2、结束作业 qdel [your job_id]

3、修改作业 qalter [your job_id]，修改未运行的作业，命令中需要加入要修改的参数。注：已经run的作业无法修改。

4、查看用户作业 qstat

a）作业一览 qstat

b）查看在运行的作业 qstat –r

c）查看未运行的作业 qstat –i

d）查看作业详细情况，qstat –f [your job_id] （推荐大家试试这个命令，增加对作业的了解，如作业资源使用情况、执行时间等）

二、编写pbs脚本，linux下可以使用vim编写。目前我们的集群ppn=24。

1、pbs脚本模板（以fluent为例），红色字体为必须有的：

#!/bin/bash -l

#

#### 邮箱设置。

#PBS -M [your email address]

#PBS -m ae

#

#### 给job取个有意思的名字

#PBS -N [Name of Job]

#

#### 选择资源

#PBS -l nodes=[节点数];ppn=[每个节点的核数]

#PBS -l mem=[amount of memory required]

#PBS -l walltime=[how long the job should run for - you may wish to remove this line to use default]

#

#### redirect error & output files

#PBS -e /home/[username]/[location]/[input (standard out) file name]

#PBS -o /home/[username]/[location]/[output (standard out) file name]

#

#### 选择队列，江苏大学HPC平台有4种类型节点，对应4种队列：计算节点#### 队列cuqueue（共480个核），胖节点队列fatqueue（96核）,GPU节点队#### 列gpuqueue，MIC节点队列micqueue

#PBS -q [指定队列名]

#### load ansys_module (setup environment)

module load ansys

#### specifies the version of ANSYS FLUENT (2d: 2-Dimension; 3d: 3-Dimension)

version=[2d or 3d]

#### specifies journal file (simulation input)

journal=[journal name]

#### 进入用户工作目录

cd $PBS_O_WORKDIR

#### 执行程序

fluent $version -t${NPROCS} -cnf=$PBS_NODEFILE -g -i $journal

2、pbs极简模板（绝大多数情况适用）：

#### 给job取个有意思的名字

#PBS -N [Name of Job]

#

#### 选择资源

#PBS -l nodes=[节点数];ppn=[每个节点的核数]

#### 进入用户工作目录

cd $PBS_O_WORKDIR

#### 执行程序

#此处敲入命令行

3、ansys cfx的pbs模板，供参考

#PBS -N [job名]

#PBS -l nodes=2:ppn=24

#PBS -q cuqueue

#PBS -V

#PBS -S /bin/bash

### Set intel environment###

source /opt/intel/composer_xe_2015/bin/compilervars.sh intel64

source /opt/intel/mkl/bin/intel64/mklvars_intel64.sh

source /opt/intel/impi/5.0.2.044/bin64/mpivars.sh

export MPIRUN_OPTIONS=-prot

unset MPI_WORKDIR

export CFX5RSH=ssh

export MPI_IC_ORDER=IBV:TCP

#

cat $PBS_NODEFILE > $PBS_O_WORKDIR/nodefile

machine1=`uniq -c $PBS_O_WORKDIR/nodefile | awk 'BEGIN {H=""}{if(H==""){ H=$2"*"$1 } else { H=H","$2"*"$1 } } END {print H}'`

echo $machine1 >/$PBS_O_WORKDIR/machine

##sed -i 's/c/ibc/g' /$PBS_O_WORKDIR/machine

echo "par-dist = $PAR_MACH"

#

cd $PBS_O_WORKDIR

#

/opt/software/ansys_inc145/CFX/bin/cfx5solve -def [def文件] -continue-from-file [res文件] -double -start-method "Platform MPI Distributed Parallel" -par-dist `cat $PBS_O_WORKDIR/machine`

4、VASP的pbs模板，供参考

#PBS -N vasp.cu.dw
#PBS -l nodes=2:ppn=24
#PBS -q cuqueue
#PBS -V
#PBS -S /bin/bash
### Set intel environment###
source /opt/intel/composer_xe_2015/bin/compilervars.sh intel64
source /opt/intel/mkl/bin/intel64/mklvars_intel64.sh
source /opt/intel/impi/5.0.2.044/bin64/mpivars.sh

cd $PBS_O_WORKDIR
NP=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l`
NN=`cat $PBS_NODEFILE | sort | uniq | tee /tmp/nodes.$$ | wc -l`
cat $PBS_NODEFILE > /tmp/nodefile.$$
mpirun -genv I_MPI_DEVICE rdssm -machinefile /tmp/nodefile.$$ -n $NP /opt/software/vasp-5.3.5/vasp
rm -rf /tmp/nodefile.$$
rm -rf /tmp/nodes.$$